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国内兽药也有自己的一些问题，药物残留是一个主要问题。农业和农村事务部、国家卫生委员会和国家市场监管局联合发布了《食品大残留限量兽药食品安全国家标准》，本次发布的食品中兽药大残留限量标准对267种兽药在畜禽产品、水产品和蜂产品中的残留限量和使用要求共2191项，基本覆盖了我国常见兽药和主要食用动物及组织，标志着我国兽药残留标准体系建设进入新阶段。
新发布的标准涵盖了兽药品种，数量有限，大幅增加。与农业部第235号公告“动物食品中兽药残留限量较大”相比，新标准规定76种兽药，增加39.8%，66种免残留品种，增加75%，增加643项，增加41.5%，基本解决了目前动物性食品评价中“限量标准不全”的问题。
新标准由CAC和欧盟、美国等发达国家或地区制定的严格标准、农业部公告涉及的残留标志物第235号、每日摄入量、残留限量值、使用要求等重要技术参数进行大修，该值设定的残留限量与CAC兽药残留限量值率一致，在90%以上；氧氟沙星和10多种存在食品安全隐患的兽药将被淘汰或改用。
中国兽药在抗病毒、提高免疫力、抗应激和促进生长发育方面的优势，使许多企业对中国兽药的发展前景持乐观态度。但是，即使当前中兽医的发展势头如火如荼，充分发挥中兽医在畜禽养殖中的作用仍有很长的路要走。
一些中国兽药制造商添加西药成分生产中西合成药物，使消费者对整个市场产生怀疑。据有关报道，假冒兽药在兽药中的比例相当大。作为药品，规范使用中兽药非常重要。在未来，在一段时间内一次性更换抗生素是不现实的。
